Cannot add menu item 'Assets/External Dependency Manager/Package Manager Resolver/Migrate Packages' for method 'PackageMigrator.MigratePackages' because a menu item with the same name already exists.
UnityEditor.EditorApplication:Internal_InvokeTickEvents()
PackageMigrator.MigratePackagesは別の名前で同じような注意文がたくさん出ます。
理由はメッセージの通りで重複が起こっているためです。
Assets以下のところにあるものと、package managerに入っているものと両方被っていました。
なので、package managerの方を削除すると注意文が消えます。
これで様子見してみます。